洛桑大学的前身是成立于1537年的Schola Lausannensis，首要任务是为教堂培养神职人员。该校当时拥有全国惟一的法语新教神学院。

1711年，让·巴贝拉克（Jean Barbeyrac）破除了当时在大学里使用拉丁语的传统，在其就职演说上使用法语。

1833年，教育学院成立。

1853年，工程学院的前身“洛桑特别学院”成立。

1873年，药学院成立。

1890年5月10日，历经数百年不断壮大发展的学校获得大学地位及名称，由亚历山大·毛雷尔（Alexander Maurer）任校长，注册学生约有300人，医学院同期成立。

1893年，物理与化学学院成立。

20世纪上半叶，社会与政治科学学院、经济与工商管理学院、建筑学院（隶属于工程学院）相继成立。　 1970年，洛桑大学逐步从洛桑老城区搬迁到现在位于莱芒湖畔的新校区，当时学生数达到3000人。

20世纪末，瑞士法语区内洛桑、日内瓦、纳沙泰尔等地使用法语教学的各大学进一步加强院校间的合作。　 2001年，洛桑大学、日内瓦大学和洛桑联邦理工学院共同签署了三校之间的合作协议，进行科研和教学上的合作。

2003年，洛桑大学增设了生物与医学院和地球科学与环境学院。