波莫纳学院在1887年10月14日作为一所男女合校的高等学府建校。建校者最初的目的是模仿小型的新英格兰式的学校创立一所学院。学院最初被建立在波莫纳小镇，在1888年9月12日在一个租聘的房屋内开始了第一堂课的授课。第二年，学校迁移到了克莱蒙特镇的一个未完全建好的酒店内。这幢楼房最后变成了如今的Sumner Hall，招生办和校园事务所的办公所在地。在学校搬迁之后，学院的名字正式改成了波莫纳学院（Pomona College）。波莫纳第一批10个毕业生于1894年正式获得学士学位证书。

建校者们的理念始终引领着波莫纳学院秉着着教育公平的信仰。如同其他由公理会成员建立的学校一样（哈佛，达特茅斯，明德，鲍登等），波莫纳学院有着自己的行政管理董事会，确保其独立性。最早的一批理事会成员包括了由威廉姆斯学院，达特茅斯学院，科尔比学院以及耶鲁大学等的优秀毕业生，一切为了为了创建一所新英格兰式的学院的目标而奋斗。在20世纪20年代初，随着学院的壮大，学校主席James A. Blaisdell，呼吁“把一群院校拆分成小型学院—类似于牛津式—使得他们能够共享图书馆以及其他设施资源”，这个决策使得波莫纳学院在保留其优良的小班文理教学的基础上能够获得宝贵的大型综合性大学的设备和资源。在1925年10月14日这个历史性的日子里，克莱蒙特学院联盟成立了。到1997年，这个联盟正式发展壮大到了如今的五所顶级文理学院和两所研究生院。

如今，波莫纳学院成为了世界上最挑剔和最富有的大学之一，波莫纳学院拥有着和常青藤盟校所媲美的SAT和ACT均分和全美最高的人均财政预算之一。波莫纳以高质量的本科教学，丰厚的财政补助，卓越的师资力量，优良的生活环境和杰出的毕业生校友在全美乃至全世界高等教育的舞台上立有一席之地。平均每年200多个学生的实习项目机会，200多个暑期科研项目机会，波莫纳学院是在美国有着最高的人均职业发展培养项目机会的高等院校之一。波莫纳学院在在校学生人均获得高等科研基金百分比排名中位列全美第8，在2013年波莫纳的在校学生取得了全美最多数量的Goldwater科研奖学金，超过全美所有文理学院甚至是有着众多学生基数的综合性大学。将近百分之85的波莫纳毕业生校友在10年之内获得研究生博士学历，其毕业校友的身影遍布全美最顶尖的硕博士项目。